地球の法則は意味を成さず、魔物達が跋扈する『ダンジョン』が世界各地に発生してから数年。日本の社畜サラリーマンである水樹了介は、ド田舎の支店へと左遷させられた。しかし新たな職場は、突如発生したダンジョンに呑み込まれ崩壊していて!? 小さな好奇心から足を踏み入れた水樹は、ゴブリンに捕まり丸焼き寸前の妖精娘・ケシーと出会う。ケシーを命からがら助けた水樹は二人でダンジョンを探索し、無事脱出に成功する。更に、チートスキルさえもカード化して自在に能力を発揮できるスキル『スキルブック』を手に入れた水樹は、ケシーと共に自由な同棲（？）生活をスタート！
しかし、謎の壊れスキルを持つ水樹の存在は徐々に知れ渡ることに。そして水樹は、ダンジョンでしか手に入らないレアアイテムを求める実業家・堀ノ宮の依頼によって、再びダンジョンへと挑むことになる――！
元社畜冒険者の現代ダンジョン攻略譚、堂々開幕！